Buenos días Cristian,
Si, podrías hacerlo con las dos salidas de PWM que tenes en la placa, variando el ancho de pulso, varias la intensidad y por lo tanto el color de la tira LED.
Como tenes solo dos salidas, podrías dejar fijo un color, y varias los otros dos para hacer diferentes combinaciones.
Si debes respetar que la corriente máxima de la tira no supere la soportada por la salida PWM.
Avísame si con dos colores para variar es suficiente.
Saludos
